Bár a probiotikumokat jótékony hatásúnak tartják az egészségre, néhány ember számára ezeknek a mikroorganizmusoknak a kezdeti lenyelése számos kellemetlen tünetet okozhat. A probiotikumok első bevételekor egyesek olyan tüneteket tapasztalhatnak, mint a puffadás, hasmenés, fejfájás, láz, izomfájdalom, agyi köd és esetleg szorongás. Úgy gondolják, hogy ezek a tünetek a szervezetben végbemenő változásokra adott válaszok, mint például a potenciális kórokozók megszűnése vagy a bélrendszeri válaszok újraaktiválódása, ezt a jelenséget néha "Herxheimer-reakciónak" is nevezik.
A Herxheimer-reakció egy kezdeti reakció, amely általában azt jelzi, hogy a szervezet alkalmazkodik egy új mikrobiális környezethez. Ennek oka lehet, hogy a probiotikumok kölcsönhatásba lépnek a meglévő mikrobiális közösséggel, ami a baktériumok elpusztulását vagy az ezeket a tüneteket kiváltó metabolitok felszabadulását okozza. Bár kellemetlen, ez a reakció általában rövid életű és gyorsan elmúlik. Felfogható a szervezet homeosztázis folyamatának részének.
Ez általában csak kis számú embert érint, a tünetek enyhék, és általában csak néhány naptól néhány hétig tartanak. Ha ezek a tünetek kényelmetlenséget okoznak, csökkentheti az adagot, vagy néhány napig abbahagyhatja a használatát, mielőtt újra próbálkozna; ha ezek a tünetek néhány hétnél tovább fennállnak, hagyja abba a használatát; ha légszomjat, torokszorulást, csalánkiütést vagy egyéb allergiás reakció tüneteit tapasztalja, azonnal hagyja abba a használatát. A mellékhatások lehetőségének csökkentése érdekében, különösen az érzékeny emésztőrendszerrel rendelkezők esetében, bölcs dolog kis mennyiségű probiotikummal kezdeni, majd néhány hét alatt növelni az adagot.
A probiotikumokat különösen óvatosan kell alkalmazni a súlyos immunhiányos betegeknél, mivel ritka esetekben a probiotikumok lenyelése fertőzéshez vezethet. Ennek az az oka, hogy az immunrendszer nem tudja hatékonyan szabályozni a mikroorganizmusok elszaporodását a szervezetben, ami fertőzésveszélyt okoz.
Néhány ember allergiás reakciót válthat ki bizonyos típusú probiotikumokra, különösen a Saccharomyces boulardii-hoz kapcsolódó élesztőgombákra. Más típusú probiotikumok, mint például a laktobacillusok, általában nem váltanak ki allergiás reakciókat.
Egyes probiotikumok hisztamint termelhetnek az emésztőrendszerben. A túlzott hisztamin felszabadulás olyan tüneteket okozhat, mint a viszketés, fokozott könnytermelés, orrfolyás, légzési nehézség, bőrpír és duzzanat, különösen a hisztamin intoleranciában szenvedőknél. Kerülje el ezeket a probiotikus törzseket, hogy elkerülje a kényelmetlenséget.